Nigeria

Eze bắt đầu sự nghiệp của mình tại câu lạc bộ Lobi Stars. Anh thi đấu thường xuyên trong hai mùa giải, trước khi chuyển đến Sunshine Stars vào tháng 9 năm 2014.[1]

Sau hai mùa giải với Sunshine, Eze gia nhập Ifeanyi Ubah, nơi anh giành được Siêu cúp bóng đá Nigeria vào đầu năm 2017. Vào ngày 9 tháng 11 năm 2017, Eze gia nhập Kano Pillars.[2]

Lokomotiv Plovdiv

THai tháng sau, vào ngày 18 tháng 1 năm 2018, Eze gia nhập câu lạc bộ Lokomotiv Plovdiv tại Giải bóng đá vô địch quốc gia Bulgaria bằng bản hợp đồng 2 năm.[3] Vào ngày 18 tháng 2, anh có trận ra mắt giải đấu cho Lokomotiv, vào sân thay cho Asen Georgiev trong trận gặp Pirin Blagoevgrad.[4] Vào ngày 16 tháng 4 năm 2019, Eze ghi bàn thắng đầu tiên cho Lokomotiv trong trận thắng 4-0 trước Septemvri Sofia tại Cúp bóng đá Bulgaria.[5]

Tobol

Vào ngày 21 tháng 1 năm 2020, Eze gia nhập câu lạc bộ FC Tobol tại Giải bóng đá Ngoại hạng Kazakhstan.[6] Chấn thương gặp phải trong một trận giao hữu trước mùa giải chứng kiến anh không bao giờ được ra sân trong một trận đấu chính thức cho đội vì anh phải trải qua một cuộc phẫu thuật ở Thổ Nhĩ Kỳ. Eze chia tay Tobol vào tháng 7 năm 2020.[7]

Jamshedpur FC

Vào ngày 10 tháng 9 năm 2020, Eze gia nhập câu lạc bộ Jamshedpur tại Indian Super League.[8] Sau khi hoàn tất hợp đồng kéo dài 1 năm, vào ngày 1 tháng 7 năm 2021, Eze rời Jamshedpur FC và trở thành cầu thủ tự do.

NK Solin

Vào ngày 17 tháng 2 năm 2022, Eze gia nhập câu lạc bộ NK Solin tại Giải bóng đá vô địch quốc gia Croatia. Anh có trận ra mắt đội bóng khi vào sân từ băng ghế dự bị trong trận thua 0-3 trước NK Dugopolje.[9]

Queen's Park

Sau một năm thi đấu cho câu lạc bộ NK Solin, Eze ký hợp đồng với Queen's Park vào tháng 8 năm 2022.[10] Vào tháng 6 năm 2023, Stephen Eze rời câu lạc bộ theo sự đồng ý của cả hai bên.[11]